Izraz “biodiverziteta” ali biotska raznovrstnost vključuje  raznolikost na ravni genov, vrst in ekosistemov, izražena pa je tudi v številu, številčnosti, različnosti in prostorski razporeditvi teh ravni. Biotska raznovrstnost obstaja na različnih nivojih, kot so nivoji ekosistemov, vrst in genov. Biodiverziteta ima posebno vlogo pri obstoju in dolgotrajnemu vzdrževanju funkcij ekosistema, ki so ključne za zagotavljanje ekosistemskih storitev. Biodiverziteta zagotovo prispeva k ustvarjanju ekosistemskih storitev, pri čemer so prisotne številne povezave. Primeri, ki so navedeni tukaj, segajo od:

• raznolikosti v vrstah talnih organizmov, ki lahko vplivajo (pogosto pri ključnih vrstah) na rodovitnost tal
• raznolikosti rastlinskih vrst na travnikih, ki lahko vpliva na nadzemno rastlinsko biomaso, in zmanjša tveganje za pomanjkanje mineralov, prisotnost strupov za živino in poveča vnos hrane ovac (biomasa) (Isbell et al. 2011).
• Bogastvo vrst ima lahko neposreden vpliv na kulturne storitve, kot so navdih ali duhovne izkušnje, pridobljene s spoznanjem ali odkritjem veličine življenja.

Vseeno pa ostaja zaradi kompleksnih  interakcij “odnos med biodiverziteto in nudenjem ekosistemskih storitev” še vedno neznan za večino ekosistemskih storitev. Za poznane odnose lahko rečemo, da se precej razlikujejo in so lahko pozitivni, negativni ali nelinearni. Pri nekaterih konceptih, kot je pristop TEEB (TEEB 2010a), je biodiverziteta izrecno omenjena v kategoriji “storitve habitata” in se šteje kot posamezna storitev. Torej pristop TEEB omenja vzdrževanje genetske raznolikosti kot eno od glavnih vrst storitev. Drugo dojemanje je, da je biodiverziteta vir za druge ekosistemske storitve, še posebej pri uravnalnih storitvah in kulturnih storitvah, kot je dobro počutje zaradi izkustva divjine ali dobro počutje zaradi poznavanja obstoja določenih vrst. Ta različna dojemanja so spodbudila obširne strokovne razprave. V projektu AlpES je biodiverziteta upoštevana kot dejavnik, ki prispeva k nastajanju ekosistemskih storitev in je tudi rezultat ekosistemskih storitev (kot je zagotavljanje določenih pogojev v habitatu). Ampak ni upoštevana kot samostojna ekosistemska storitev.

Ekosistemske storitve so po definiciji povezane z biotskimi procesi v ekosistemih in njihovemu prispevku k človeški blaginji. Obstajajo različna mnenja o tem, v kolikšni meri bi naj biotski procesi prispevali k ekosistemskim storitvam: nekateri menijo, da so lahko kot ekosistemske storitve upoštevane samo storitve, ki se nanašajo na žive procese, medtem ko drugi menijo, da so ekosistemi vedno sestavljeni iz abiotskih in biotskih sestavnih delov in da jasna ločitev med prispevkom abiotskih in biotskih sestavnih delov k ekosistemski storitvi ni možna. Poleg tega obstajajo abiotski proizvodi, osnovani na biotskih procesih, tako kot npr. fosilna goriva, kamine in naravni materiali, ki so rezultat biotskih procesov, kot so apnenec, pesek in sol. Na podlagi tega je bilo izraženo mnenje, da se tudi abiotske iznose vključi kot ekosistemske storitve. Sistem CICES se omejuje na tiste iznose ekosistemov, ki so odvisni od ali sorodni z biotskimi procesi, ampak priznava, da je to kompromis in da bi abiotski iznosi morali biti obravnavani s podobnim sistemom klasifikacije. Za takšen sistem klasifikacije je prvič struktura ponujena v sedanji verziji sistema CICES (5.1). Krovni cilj projekta AlpES je podpora razvoja regionalnega upravljanja z okoljem z uporabo pristopa ekosistemskih storitev. Pri dejanskem upravljanju z okoljem in teritorialnim razvojem imajo tudi abiotski iznosi ekosistemov pomembno vlogo, kot so prostor za vetrne elektrarne, sončne elektrarne in izkopavanje mineralnih virov. Zlasti na alpskem območju imajo nekateri od teh abiotskih iznosov pomembno vlogo, kot so: vodna energija, izkopavanje soli in različnih kamnin ter tudi rekreacijske aktivnosti, ko raziskujemo jame ali pa plezamo. Pristop projekta AlpES tako sprejema abiotske iznose enakovrednost kot biotske iznose in jih bo eksplicitno obravnaval kot “okoljske storitve” in ne kot ekosistemske storitve. Trenutno pa projekt AlpES ne bo ocenjeval ali kartiral abiotskih iznosov. Obstajajo tudi različna mnenja znotraj projekta AlpES: abiotski iznosi ekosistemskih storitev so upoštevani kot abiotski iznosi naravnega kapitala in ne kot posamezne ekosistemske storitve z vidika ekosistema. Drugi sprejemajo te iznose kot dobrine in storitve iz ekosistemov.

Pri razumevanju ekosistemskih storitev se postavlja tudi vprašanje, do katere mere se pri obravnavi upošteva človeški vpliv. Uporaba človeškega dela, fosilne energije, kemikalij in tehničnega znanja prispeva k ustvarjanju ekosistemskih storitev in koristi. Ampak to ni del storitve, ki jo nudi ekosistem. To pomeni, da je proizvod/produkt izključna stvaritev narave brez omenjenih prispevkov. To postane zlasti pomembno, ko omenjamo oskrbovalne storitve, kot so kmetijski pridelki iz intenzivnih proizvodenj ali končne koristi, ki so še naknadno obdelane. Čeprav je do določene stopnje naravni prispevek prekrit z drugimi prispevki, še vedno ostajajo nekateri nepogrešljivi ekološki prispevki, kot so: funkcije prsti in podnebja ter vse podporne storitve, ki prispevajo k zagotavljanju ekosistemskih storitev. Mnogo ekosistemskih storitev je so-proizvedeno kot kombinacija naravnega kapitala (zagotavljanje ekosistemov) in različnih vrst nenaravnega kapitala, kot so socialni, finančni ali tehnološki kapital. Te so-proizvedene storitve lahko še vedno spadajo pod ekosistemske storitve. Avtorji tega koncepta poudarjajo odgovornost ljudi za uravnoteženo soproizvodnjo ekosistemskih storitev. Za označevanje teh razlik je bil uveden izraz “agrosistemske storitve”. Po mnenju projekta AlpES bi to lahko vodilo do nekakšne terminološke zmede, saj bi kot posledica lahko bili uvedeni še izrazi “storitve gozdnih sistemov”, “storitve vodnih sistemov” ali “storitve urbanih sistemov”. Po drugi strani pa ekosistemske storitve, kot so lov, ribolov ali nabiranje gob, ki naj bi bile proizvedene brez človeškega vpliva, tudi vključujejo nekaj tehničnih prispevkov (pištole, ribiške mreže) in človeškega dela (hoja, nabiranje). Pri pristopu projekta AlpES se je priporočljivo držati termina ekosistemske storitve, pri katerih niso izključene koristi, ki izhajajo iz ekosistemskih storitev. Vseeno bo človeški in grajeni kapital označen kot tak, zato, da se izpostavi, kje lahko pride do negotovosti pri merjenju iznosov ekosistemskih storitev.

Ekonomska ocena ekosistemskih storitev je priljubljena tema, ki je osnovana na njihovi fizični oceni. Obstaja več vrst uporabljenih ekonomskih vrednosti in metod ocenjevanja, ki jih moramo previdno razlikovati. Osnovna ideja je, da je teoretična celotna ekonomska vrednost (TEV) sestavljena iz različnih vrst vrednosti.

Na razpolago so različne metode  za ocenjevanje teh vrednosti. Uporaba vrednosti pogosto ne upošteva vseh sestavnih delov vrednosti in ni razumljiva. Težko je tudi pridobiti t.i. neuporabne vrednosti za netržno blago. Nekaj metod za ocenjevanje cen:

• Metoda tržnih cen: če so koristi ali dobrine ekosistemskih storitev iste ali zelo podobne tistim, s katerimi se trguje na tržiščih, pri ocenjevanju uporabljamo tržne vrednosti in cene. Kot primer navajamo tržne vrednosti lesa, srnjadi, rib ali sadja.
• Metoda hedonističnih cen: uporaba ekosistemskih storitev se lahko odraža v cenah najemniških stanovanj. Bivanje v zelenih območjih je pogosto dražje, saj ljudje raje živijo blizu zelenih površin in zaradi tega pristanejo na plačevanje višjih najemnin.
• Metoda kontingenčnega vrednotenje: Zlasti za vrednosti t.i dedovanja, vrednosti obstoja in vrednosti izbire je skoraj nemogoče zbrati resnične obstoječe cene. Torej je “pripravljenost plačati” ali “pripravljenost sprejemanja” določenih ljudi analizirana z vprašalniki, v katerih ljudi vprašajo, koliko bi bili pripravljeni plačati zato, da bi npr. ohranili redko vrsto ali ogrožen habitat ali koliko denarja bi zahtevali za to, da sprejmejo spremembo v pogledu na neko pokrajino. V analizah z več možnimi odgovori so uporabljeni različni scenariji razvoja;
• Metoda potnih stroškov: želja ljudi, da bi obiskali lepe pokrajine ali območja za rekreacijo, se odraža v cenah in času, ki ga porabijo za potovanje na te destinacije.

V bazi podatkov TEEB je zbrana svetovna zbirka študij primerov ekonomskih ocen, ki nudi tudi ekonomske vrednosti za ekosistemske storitve v različnih biomih. Vseeno je resnična vrednost vedno odvisna od regionalnih in lokalnih značilnosti. Zaradi tega je razmeroma težko prenesti vrednosti tiste baze podatkov na druga območja brez poznavanja regionalnih in lokalnih pogojev. Na splošno obstaja močna debata o uporabnosti ekonomskega ocenjevanja ekosistemskih storitev, ki je osnovana na temeljnih izhodiščih koncepta in metodoloških vprašanjih: Temeljna težava je, da obstaja veliko vrednosti ekosistemskih storitev, zlasti kulturnih storitev, ki jih ne moremo ekonomsko ocenjevati. Po drugi strani je težava v tem, da ekonomska ocena sloni (na idealnem tržišču) na preferencah in izbirah. Ne moremo se izogniti izbiranju in za vsakodnevno odločanje med možnostmi upoštevamo svoje osebne preference. Torej bi morali izbrati ali, da ne upoštevamo teh preferenc ali prisilimo ljudi, da jih označijo tako, da na ekosistemske storitve postavijo nalepko s ceno. Velja mnenje, da nas ekonomska ocena ozavesti o tem, da so ekosistemske storitve pomemben ekonomski faktor, ki pogosto ni priznan in še pogosteje ni upoštevan pri odločanju. Kar se tiče metodologije, obstaja širok nabor metod za izračun ekonomskih vrednosti ekosistemskih storitev, kar pa povzroči veliko razliko med dobljenimi vrednostmi. Pomembna je tudi jasna razčlenitev končnih storitev (da bi se izognili dvojnem štetju). A je neizpodbitno, da bi bili svežnji ekosistemskih storitev vedno proizvedeni na isti točki, saj nanje vplivajo spremembe rabe tal ali drugi dejavniki. Ekonomska ocena torej še ne prinaša lažjega odločanja. Lahko se zgodi, da je ekonomska ocena celo težka podlaga za odločanje, če ljudje izberejo različne vrednosti za ekosistemske storitve in se o tem začnejo pogovarjati. Ekonomske vrednosti gospodarskih dejavnosti (stroški investicije, stroški proizvodnje, prihodki itd.) so pogosto tudi zelo nezanesljive, kar bi moralo biti upoštevano, ko razmišljamo o odločanju, osnovanem na ekonomski oceni.